Phân lập DNA từ mẫu đất
Phân lập DNA từ mẫu đất
TS. Betsy Wilson, Trưởng khoa Sinh học, Đại học North Carolina, Asheville,
NC Tammy Goodman, Thermo Fisher Scientific, Asheville, NC
Tóm tắt
Tìm kiếm các vi sinh môi trường (còn được biết đến là khai thác sinh vật) là một quá trình rất phổ biến hiện nay và có sẵn nhiều bộ dụng cụ thương mại để phát hiện DNA trong đất và nước. Các bộ dụng cụ có thể giúp giảm thiểu thời gian chuẩn bị quy trình cũng như nhu cầu về thuốc thử và vật tư tiêu hao sẵn có. Người sử dụng chỉ cần chuẩn bị thêm pipet và máy ly tâm máy ly tâm vi mô. Máy ly tâm máy ly tâm vi mô Thermo Scientific với Rôto đã được chọn cho ứng dụng này để chứng minh việc sử dụng bộ phân lập DNA đất với máy ly tâm vi mô Thermo Scientific này dễ dàng như thế nào.
Các mẫu đất thu hoạch được phân lập từng bước theo hướng dẫn của FastDNA SPIN Kit®. Kết quả trên gel cho thấy DNA được chiết xuất rõ ràng, sau đó sẽ được phân tích tiếp để nhận dạng.
DNA sau thu hoạch thường được phân tích sâu hơn để tìm ra các sinh vật đã biết hoặc sinh vật mới.
Hình 1: Máy ly tâm vi mô Thermo Scientific microcentrifuge.
Vật liệu và phương pháp nghiên cứu
Đất lõi được thu thập từ lô đất Cataloochee ở Công viên Quốc gia Dãy núi Great Smoky vào tháng 3 năm 2006. Lô đất này được định vị và lấy mẫu các khu vực được xác định qua tọa độ GPS bằng thiết bị GPS cầm tay. Một máy khoan kim loại sạch được sử dụng để lấy các lõi đất dài 100 mm để tối thiểu sự xáo trộn tại hiện trường1.
Các lõi đất được thu thập tại các địa điểm này được giữ ở nhiệt độ môi trường trong quá trình vận chuyển đến Khoa Sinh học tại Asheville, cơ sở NC của Đại học Bắc Carolina (UNCA) và được tiếp tục giữ ở nhiệt độ môi trường đến khi sinh viên sử dụng trong phòng thí nghiệm vi sinh. Tất cả các mẫu được sử dụng trong vòng ba ngày kể từ ngày thu thập.
Các mẫu chứa 2,5 g đất ướt được pha loãng thành 22,5 ml trong dung dịch natri clorua 0,8% vô trùng và ủ trong 15 phút; các hạt lớn hơn được để lắng xuống trong 2 phút.
- Muối phía trên lớp đất được pha loãng dần dần bằng nước cất.
- Pha loãng 0,1 ml dung dịch mẫu và đặt trên môi trường vi sinh rắn.
- Các đĩa được ủ ở nhiệt độ môi trường trong bảy ngày.
- Các khuẩn lạc riêng biệt được khía trên đĩa mới để thu được canh trường thuần khiết.
- Hình thái khuẩn lạc và tế bào được ghi lại từ môi trường canh trường thuần khiết.
- DNA được phân lập từ canh trường thuần khiết bằng cách sử dụng Bộ FastDNA SPIN dành cho đất. Quy trình được thực hiện theo hướng dẫn của FastDNA SPIN Kit. Tất cả các bước ly tâm được thực hiện bằng máy ly tâm vi mô Thermo Scientific.
- rDNA của các mẫu DNA thu được được khuếch đại bằng PCR với mồi chung.
Kết quả
Sau PCR, các phân lập rDNA đã được hiển thị thành công bằng cách sử dụng điện di trên gel agarose 1% (Hình 1). Các phân lập DNA đã được tiếp tục phân tích để xác định.
Hình 2. Cột 2, 3, 4 và 5 là các sản phẩm PCR từ các mẫu DNA được chuẩn bị nhờ sử dụng Bộ công cụ FastDNA SPIN cho đất (Qbiogene) và máy ly tâm vi mô Thermo Scientific
Kết luận
Toàn bộ dòng máy ly t âm vi mô Thermo Scientific là thiết bị lý tưởng cho các phòng thí nghiệm hiện đại sử dụng Bộ công cụ FastDNA SPIN để phân lập rDNA. Những máy ly tâm vi mô này có giao diện dễ sử dụng với các biểu tượng dễ hiểu và màn hình sáng rõ. Những tính năng này cộng với nắp rô-to an toàn sinh học Thermo Scientific ClickSeal gắn vào làm cho dòng máy ly tâm vi mô này trở thành sự lựa chọn hoàn hảo cho phòng thí nghiệm có nhiều người dùng chung.
Máy ly tâm vi mô của Thermo Scientific nhỏ và hoạt động êm, dễ dàng lắp đặt mà không ảnh hưởng đến không gian làm việc hạn chế diện tích hoặc quá trình sử dụng. Đây là thiết bị quan trọng cho tất cả các phòng thí nghiệm.
Tài liệu tham khảo
- Joseph, S. J., P. Hugenholtz, P. Sangwan, C. A. Osborne, and P. H. Janssen. 2003. Laboratory cultivation of wide- spread and previously uncul- tured soil bacteria. Applied and Environmental Microbiology 69:7210-7215.
- Fredrickson, J. K. J. M. Zachara, D. L. Balkwill, D. Kennedy, S. W. Li, H. M. Kostandarithes, M. J. Daly, M. F. Romine, and F. J. Brockman. 2004.Geomicrobiology of High-Level Nuclear Waste-contaminated Vadose Sediments at the Hanford site, Washington State. Applied and Environmental Microbiology 70:4230-4241.
Nguồn: Isolating DNA from Soil Samples (thermofisher.com)
Cần hỗ trợ thêm thông tin, Quý khách vui lòng liên hệ:
Ms. Lê Thị Thùy Trang, Phòng Marketing, DKSH.
📞 Điện thoại: (+84) 906 654 815
✉ Email: tecinfo.vn@dksh.com
Hoặc để lại thông tin như form bên dưới:
